我女朋友怀孕三个月，但是检查出乙肝大三

这种做法不存在对错的问题，如果怀孕了根据自己的情况确实不能保留的，可以进行流产。
追问：怕以后犯病，怕女友犯病或者小孩出生不健康，我们家条件不好，没能力看这个病，又觉得现在还小承担不起，所以流了您觉得对吗
回答：您这么选择流产是没有问题的，不存在对错的问题。没有必要有什么心理负担，以后再有性生活要注意做好避孕措施，按您描述的女友的情况，最好使用安全套避孕，避免使用药物避孕。